Cette espèce dispose d'une carapace foncée, brun-noir, souvent recouverte d'algues. Ses marginales sont très dentelées. Elle n'est pas capable de rentrer toute sa tête. Elle dispose d'un bec caractéristique muni d'un appendice sur la mâchoire du haut et sur la mâchoire du bas. C'est la seule tortue à disposer d'un leurre. Cet appendice mobile est formé au bout de la langue et sert à attirer les poissons.
Les mâles peuvent atteindre 100 kg pour une longueur queue comprise de 75 cm. La tortue alligator possède une très puissante mâchoire.
Cette espèce est caractérisée par une tête large et lourde, et une épaisse carapace aux larges écailles en pointe, lui donnant cette apparence primitive d'une autre ère, rappelant les plaques composant les carapaces des dinosaures. Elle peut être immédiatement distinguée d'une tortue commune par ses trois rangées de plaques pointues et prédominantes sur la carapace, là où la tortue commune a une carapace aux plaques beaucoup moins prononcées. Sa carapace une couleur grise, marron, noire, ou vert olive, et est souvent couverte d'une couche d'algues vertes.
Typiquement, les mâles sont plus conséquents que les femelles, certains cas de tortues alligators de près de 180 kilos ayant été rapportés, sans pour autant être vérifiés. On peut dissocier le mâle de la femelle avec, entre autres critères, la largeur de la base de la queue, changeante d'un sexe à l'autre de par la différence des organes génitaux.
On ne connaît aucun cas de mort suite à une morsure de cette espèce, seulement quelques cas d'agressions, dont en 2013 un enfant en Allemagne ayant eu le tendon d’Achille sectionné en se baignant. La présence de cet animal en eaux douces allemandes peut s'expliquer par le fait que la possession de cette espèce soit illégale en Allemagne depuis 1999.